Protéine Interaction protéique-wikipedia

Un Interaction protéique des protéines est une interaction entre deux ou plusieurs protéines. Il est principalement basé sur des interactions non covalentes, telles que les forces Van-Bern-Waals et les liaisons hydrogène, les interactions électrostatiques et les effets hydrophobes des domaines protéiques les plus aminés entre les protéines impliquées.

Les interactions protéiques protéiques jouent un rôle clé dans pratiquement tous les processus biologiques dans lesquels les protéines sont impliquées. Cela comprend en particulier les processus de transduction du signal, les fonctions de transport et le cytosquelette. Par conséquent, les interactions protéiques protéiques font l’objet de recherches de nombreux domaines de la bioscience. L’intégralité des interactions protéiques protéiques, qui forment un réseau d’environ 650 000 interactions dans l’organisme humain, ^[d’abord] est généralement également appelé interactomes et est enregistré dans des bases de données telles que Kegg et Reactome. Les protéines des complexes protéiques et des protéines adaptantes ont un nombre particulièrement important d’interactions. Les interactions définies analogiques sont par ex. B. Interactions lipidiques protéiques, interactions de l’ARN protéique et interactions de l’ADN protéique.

Liste des méthodes pour clarifier les interactions protéiques protéiques [ Modifier | Modifier le texte source ]]

Les interactions protéiques des protéines peuvent être examinées expérimentalement en utilisant des méthodes biochimiques et biophysiques au cours d’une caractérisation des protéines. Ceux-ci inclus:

• Le système hybride de levure-deux et le système bactérien à deux hybrides, deux méthodes biologiques moléculaires utilisant des protéines de fusion qui forment un facteur de transcription fonctionnelle dans les cellules après interaction
• L’affichage moléculaire, par ex. Par exemple, le phagendisplay ou l’affichage de levure est un processus de dépistage dans lequel les protéines sont exprimées à la surface des bactériophages et dont l’ADNc de codage peut être identifié après l’interaction
• Le transfert de transfert de résonance Forester et le transfert de résonance organiquent, basé sur un phénomène physique, dans lequel les protéines conjuguées au colorant montrent un transfert d’énergie lors d’une interaction
• Le complément de fluorescence bimoléculaire, un processus biochimique-biophysique, qui est basé sur une union de deux fragments précédemment séparés de la protéine fluorescente verte après interaction avec les protéines conjuguées, analogues à la composition des fragments enzymatiques
• La spectroscopie de corrélation de fluorescence et la spectroscopie de corrélation à temps-vie à la fluorescence
• Le test de proximité de scintillation, dans lequel une scintillation est renforcée après avoir lié une protéine radioactive.
• La spectroscopie de résonance du plasmone de surface (SPR, étroite. Résonance plasmonique de surface ), un processus physique quantitatif basé sur une détection du changement de l’épaisseur de la couche des protéines liées après une interaction
• L’interférométrie de couche organique mesure l’interférence modifiée lors de l’ajout d’une protéine à une couche d’une autre protéine
• la spectroscopie RMN, une procédure pour déterminer la structure spatiale d’une protéine
• Test de liaison au ligand tel que B. La liaison du radioligand dans le test de liaison au filtre, un processus biochimique quantitatif qui est basé sur une mesure de rayonnement d’une ligue de protéines radioactives mobile après interaction avec une protéine immobilisée
• Le scan d’alanine, plusieurs lectures mutées ciblées pour identifier les acides aminés nécessaires à la liaison
• Le passage à niveau, une procédure chimique pour fixer les protéines en interaction pour une analyse ultérieure, peut également être effectuée in vivo en utilisant des analogues d’acides aminés photo-réactifs qui sont installés dans les protéines pendant l’expression, généralement combinés avec un Western blot ou maldi-TOF.
• L’Isopeptag relie les protéines voisines enzymatiquement.
• Le transfert d’étiquette transfère un signal d’une molécule à une autre liaison.
• Chromatographie d’affinité, un processus de séparation chromatographique utilisant une phase stationnaire conjuguée aux protéines pour l’isolation des protéines interagies dans la phase mobile
• L’électrophorèse d’affinité, une procédure électrophorétique similaire dans la chromatographie d’affinité
• Des tests de traction comme B. ko-mimunpipizite ou colonne vertébrale (expérience d’interaction Strepp-Protein), méthodes basées sur une analyse abrégée et ultérieure des complexes protéiques
• Immunoprécipitation quantitative combinée à la knock-down (rapide) ^[2]
• Dans l’interaction des protéines, les électrophores de gel natifs montrent leur comportement de course modifié dans l’électrophorèse sur gel.
• Après incubation d’un Western blot avec le partenaire d’interaction, le Western blot de l’Ouest l’utilise comme objectif d’une coloration immunitaire
• Test de ligature de proximité
• Fragment de protéines de tests tels que le DVS-DEV, analogue à la complément de fluorescence bimoléculaire, mais avec deux moitiés enzymatiques au lieu de deux moitiés de la fluorophore.
• Essai de décalage thermique, mesure de la température de dénaturation modifiée pour les ligands liés
• Thermophorèse microscopique
• Isotherme Titrationskalorimetrie
• Bioïde ( Engl. Identification de la biotine dépendante de la proximité ) est basé sur l’expression d’une protéine de fusion avec une ligue de protéine de biotine non spécifique suivie de la détection des protéines biotinylées ^[3]
• Le rayon hydrodynamique modifié d’un complexe protéique peut être déterminé par centrage de la densité ou chromatographie sur le gel.

En comparant la séquence d’acides aminés avec des bases de données telles que BLASTP et PFAM, les protéines liées à la séquence avec des fonctions connues peuvent fournir une indication des fonctions possibles de la protéine à examiner. De plus, à l’aide de méthodes théoriques assistées par ordinateur au cours d’une prévision de structure protéique, la prédiction des interactions protéiques protéiques est partiellement possible.

• Adams, Peter; Golemis, Erica: Interactions protéine-protéine: un manuel de clonage moléculaire . Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, N.Y 2005, ISBN 0-87969-723-7.
• Friedrich Lottspich, Joachim W. Engels, Solodkoff Zettlmeier Lay: Bioanalytique . 3e édition, Spectrum, Heidelberg, 2012, ISBN 978-3827400413.
• Hubert Rehm, Thomas Letzel: The Experiner: Biochimie des protéines / protéomique . 6e édition, Spectrum, Heidelberg 2009, ISBN 978-3827423122.
• Werther, Meike; Seitz, Harald: Interaction protéique protéique. Springer 2008, ISBN 978-3-540-68820-4

1. ↑ Stumpf M, Thorne T, et al. : Estimation de la taille de l’interactome humain . Dans: PNA . 105e année, Non. 19 , 2008, S. 6959 ( pnas.org ).
2. ↑ S. Schmollinger, D. Strinkert, V. Offedu, A. Nordhues, F. Sommer, M. Schroda: Un protocole d’identification des interactions protéine-protéine basée sur le marquage métabolique 15N, l’immunoprécipitation, la spectrométrie de masse quantitative et la modulation d’affinité. Dans: Journal of Visualized Experiments: Jove. Numéro 67, 2012, S., doi: 10.3791 / 4083 , PMID 23051728 , PMC 3490270 (Texte complet gratuit).
3. ↑ K. J. Roux, D. I. Kim, M. Raida, B. Burke: Une protéine de fusion de biotine ligase promiscueuse identifie les protéines proximales et interagissantes dans les cellules de mammifères. Dans: Journal of Cell Biology. Volume 196, numéro 6, mars 2012, pp. 801–810, doi: 10.1083 / jcb.201112098 , PMID 22412018 , PMC 3308701 (Texte complet gratuit).