Copier la variation du nombre – Wikipedia

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Exemples de types de mutation chromosomique

Copier la variation du nombre (court CNV , Allemand Copier la variation du nombre ) indique une forme de variation structurelle du génome (court SV , Anglais variation structurelle ), les écarts du nombre de copies d’une certaine section d’ADN générée dans un génome. [d’abord] [2] Si la première a supposé que les gènes du génome sont généralement disponibles en deux copies (une copie par chromosome ensemble chacune), certains gènes ont montré une variation des copies de gènes entre différents individus. Un gène peut être disponible en une seule copie des copies (et en plus de trois ou quatre exemplaires (geniduplication). Les gènes peuvent également être complètement manquants (générion homozygote). Similaire aux boulettes uniques (ou SNPS ) peut également être clairement distingué les uns des autres en raison de l’occurrence ou du manque de CNV. Les CNV peuvent avoir un impact sur la prédisposition à certaines maladies. Par rapport aux SNP, les CNV créent un plus grand nombre de différences génétiques entre les personnes si le nombre de blocs de construction d’ADN (nucléotide) affectés par les CNV est utilisé. [3]

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Pour l’identification du CNV dans le génome, les techniques basées sur les microréseaux sont [4] ainsi que le séquençage de l’ADN, en particulier les méthodes Séquençage de deuxième génération utilisé. Une analyse des données d’une étude pilote du 1000 Genome Project a permis d’identifier 28 000 CNV dans les génomes de 185 personnes avec quatre méthodes d’analyse basées sur la séquence d’ADN différentes. [2] Ces quatre méthodes incluent le séquençage de paire final et son analyse bioinformatique ( cartographie par paire ), [5] [6] L’alimentation directe des séquences d’ADN sur les positions d’extrémité (ou “points de rupture”) des CNV ( Analyse à lecture divisée ), [7] [8] L’analyse de la profondeur de séquence ( Analyse en lecture ) [9] [dix] et l’utilisation de méthodes bioinformatiques pour l’assemblage de séquences ( assemblage de séquence ). Contrairement aux techniques basées sur des puces à ADN, le séquençage de l’ADN permet un plus grand nombre de classes de variations structurelles, y compris les inversions et les translocations.

Selon la taille (longueur) de la section ADN affectée et en fonction de la densité du gène de la région chromosomique affectée, les duplications et les suppressions peuvent avoir des effets très différents. Premièrement, les zones sans gène, une partie d’un gène, un gène complet ou plusieurs gènes peuvent être affectés. Ensuite, les conséquences de la fonction des gènes affectés dépendent. Ici, le spectre va de la morte (fausse couche) à inoffensive. De plus, même au sein d’une famille, la pénétration (pénétration et expressivité) d’un tel écart génétique de la personne à la personne peut être très différente (0 à 100%).

Étant donné qu’une partie des informations génétiques est simplement disponible au lieu de double ou est complètement manquante, la possibilité de troubles causés par cela est évidente. Les troubles des duplications sont plus difficiles à expliquer. Voici des observations selon lesquelles une activité génique excessive (expression des gènes) peut se produire avec une copie supplémentaire d’un gène. Par exemple, de nombreux composants pour un récepteur peuvent être produits dans une certaine fenêtre de temps, ce qui peut entraîner un stress et un développement indésirable des cellules. [11] [douzième]

De nombreux troubles du développement, tels que les troubles du spectre de l’autisme, sont souvent dus au nombre de copies – souvent en raison de plusieurs à différents endroits. [13] [14]

  • M. Saitou, O. Gokcumen: Une perspective évolutive sur l’impact de la variation du nombre de copies génomiques sur la santé humaine. Dans: Journal of Molecular Evolution. Band 88, numéro 1, janvier 2020, p. 104–119, doi: 10.1007 / S00239-019-09911-6 , PMID 31522275 (Examen).
  • V. Salpietro, A. Manole, S. Efthymiou, H. Houlden: Un examen des variantes du nombre de copies dans les neuropathies héréditaires. Dans: Génomique actuelle. Volume 19, numéro 6, septembre 2018, pp. 412–419, doi: 10.2174 / 1389202919666180330153316 , PMID 30258273 , PMC 6128387 (Texte intégral gratuit) (revue).
  • A. B. Wilfert, A. Sulovari, T. N. Turner, B. P. Coe, E. E. Eichler: Mutations de novo récurrentes dans les troubles neurodéveloppementaux: propriétés et implications cliniques. Dans: Médecine du génome. Bande 9, numéro 1, 11 2017, S. 101, doi: 10.1186 / s13073-017-0498-x , PMID 29179772 , PMC 5704398 (Texte intégral gratuit) (revue).
  • Directive S2K Diagnostics soignés humains et conseils génétiques de la Société allemande pour l’Estacle humain. Dans: AWMF en ligne (au 31 décembre 2018).
  1. ↑ Conrad, D.F. et al. (2010). Origines et impact fonctionnel de la variation du nombre de copies dans le génome humain. Dans: Nature. Bd. 464, S. 704–712. PMID 19812545
  2. ↑ un b Mills, R.E. et al. (2011). Cartographier la variation du nombre de copies par séquençage du génome à l’échelle de la population. Dans: Nature. Bd. 470, S. 59–65. PMID 21293372
  3. ↑ South, P. et al. (2015). Une carte intégrée de la variation structurelle dans 2 504 génomes humains Dans: Nature. Bd. 526, S. 75–81. PMID 26432246
  4. ↑ McCarroll, D.F. et al. (2008). Détection intégrée et analyse génétique de la population des SNP et variation du nombre de copies. Dans: Nat Genet. Bd. 40, S. 66–74. PMID 18776908
  5. ↑ Korbel, J.O. et al. (2007). La cartographie de l’extrémité appariée révèle une variation structurelle étendue du génome humain . Dans: Science . Bd. 318, S. 420–426. PMID 17901297
  6. ↑ Kidd, J.M. et al. (2008). Cartographie et séquençage de la variation structurelle de huit génomes humains. Dans: Nature . Bd. 453, S. 56–64. PMID 18451855
  7. ↑ Ye, K. et al. (2009): Pindel: Une approche de croissance du motif pour détecter les points de rupture des grandes suppressions et des insertions de taille moyenne des lectures courtes par paires. Dans: Bioinformatique . Bd. 25, S. 2865–2871. PMID 19561018
  8. ↑ Lam, H.Y. et al. (2010): Analyse de la résolution nucléotidique des variantes structurelles à l’aide de Breakseq et d’une bibliothèque de points d’arrêt. Dans: Nat Biotechnol. Bd. 28, S. 47–55. PMID 20037582 .
  9. ↑ Yoon, S. (2009): Détection sensible et précise des variantes du nombre de copies à l’aide de la profondeur de lecture de la couverture . Dans: Génome res . Bd. 19, S. 1586–1592. PMID 19657104
  10. ↑ Alkan, C. (2009): Numéro de copie personnalisé et cartes de duplication segmentaire utilisant le séquençage de nouvelle génération . Dans: Nat Genet . Bd. 41, S. 1061–1067. PMID 19718026
  11. ↑ M. A. Gillentine, J. Yin, A. Bajic, P. Zhang, S. Cummock, J. J. Kim, C. P. Schaaf: Conséquences fonctionnelles des altérations du nombre de copies CHRNA7 dans les cellules souches pluripotentes induites et les cellules progénitrices neurales. Dans: American Journal of Human Genetics. Volume 101, numéro 6, décembre 2017, pp. 874–887, doi: 10.1016 / j.ajhg.2017.09.024 , PMID 29129316 , PMC 5812918 (Texte complet gratuit).
  12. ↑ M. A. Gillentine, C. P. Schaf: Les phénotypes cliniques humains du numéro de copie ChrNA7 modifié. Dans: Pharmacologie biochimique. Volume 97, numéro 4, octobre 2015, pp. 352–362, doi: 10.1016 / j.bcp.2015.06.012 , PMID 26095975 , PMC 4600432 (Texte intégral gratuit) (revue).
  13. ↑ G. Ramaswami, D. H. Vitesse: Génétique du trouble du spectre autistique. Dans: Manuel de neurologie clinique. Band 147, 2018, S. 321–329, deux: 10.1016 / B978-0-444-63233-3.00021-X , PMID 29325621 (Examen), Pdf .
  14. ↑ M. Woodbury-Smith, S. W. Scherer: Progrès dans la génétique du trouble du spectre autistique. Dans: Médecine du développement et neurologie des enfants. Bande 60, numéro 5, 05 2018, S. 445–451, doi: 10.1111 / dmcn.13717 , PMID 29574884 (Review) (Texte complet gratuit).

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