Przyciąganie długich gałęzi – Wikipedia

L ‘ Przyciąganie długich gałęzi (lub LBA, dla Długa atrakcja gałęzi w języku angielskim) jest artefakt Rekonstrukcja filogenezy, która powoduje przegrupowanie taksonów, które ewoluują najszybciej bez odzwierciedlenia ich prawdziwego pokrewieństwa. Zjawisko to jest powiązane z akumulacją zbieżnych podstawień, które są interpretowane jako synapomorfiki. Przyciąganie długich gałęzi szczególnie wpływa na metody parsymonu, w szczególności dlatego, że nie pozwalają one ^{[[[ Pierwszy ] W [[[ 2 ]} .

• Jednym z najsłynniejszych przykładów błędów filogenetycznych związanych z przyciąganiem długich gałęzi jest prowokująca hipoteza parafii gryzoni zaproponowanych na początku lat 90. XX wieku. Pigła Indii została w szczególnie zaskakującym wykluczonym gryzonie. Na szczęście został przywrócony w serii sprzecznych publikacji na ten temat w czasopiśmie Nature ^{[[[ 3 ] W [[[ 4 ] W [[[ 5 ] W [[[ 6 ]} .

• Powiązania rodzicielskie między zwierzętami z budynku burzowego były przedmiotem intensywnej debaty w odniesieniu do pozycji w drzewie dwóch phyli, których ewolucja była bardzo szybka: nicienie i plathelminthes. Obecny konsensus jest taki, że te dwie grupy są odpowiednio uwzględnione w dwóch głównych kladach Protostomians, Equdoozoa i Lophrotrochazoa. Ich prosta morfologia pojawiłaby się po utracie wielu przodków. Ta topologia, uważana za przyznaną, została zakwestionowana przez liczne analizy filogenomiczne, których znaczenie zostało ostatecznie zakwestionowane z powodu niskiego próbkowania taksonomicznego ^{[[[ 7 ]} .

Można wdrożyć różne strategie, aby ograniczyć ten problem:

• Metody wnioskowania filogenetycznego typu probabilistycznego, takie jak maksymalne prawdopodobieństwo lub wnioskowanie bayesowskie, umożliwiają zmniejszenie zjawiska przyciągania długiego gałęzi poprzez zezwolenie na różnice w prędkości ewolucji (gamma, prawo kowaria) i opisanie realistycznych procesów podstawienia,
• Dodanie taksonów w analizie filogenetycznej umożliwia „złamanie długich gałęzi” poprzez ułatwianie oszacowania rzeczywistych długości gałęzi. Zainteresowanie tego procesu zależy głównie od badanej grupy taksonomicznej.
• Niedawno opracowanie N. Lartilota nowego modelu ewolucji molekularnej, model CAT, umożliwił drastyczne ograniczenie niektórych zjawisk przyciągania, szczególnie w analizach filogenomicznych ^{[[[ 8 ]} . Model ten umożliwia uwzględnienie heterogeniczności miejsc wyrównania, przypisując je do kategorii za pomocą własnych metod ewolucji molekularnej, teoretycznie teoretycznie odzwierciedlają właściwości biochemiczne obszarów i zainteresowanych aminokwasów.