Henk Buck – Wikipedia

Posted on by

Bronnen, noten en/of referenties

Bronnen

Noten

  1. ↑ De jaarlijkse Gouden KNCV-Medaille is de belangrijkste Nederlandse prijs voor onderzoekers die zich bijzonder hebben onderscheiden op het gebied van chemisch speurwerk in de breedste zin.
  2. ↑ KNAW-lidmaatschap
  3. ↑ M. Tels in het Eindhovens Dagblad van 30 november 2005
  4. ↑ Pols, Bram (1990) Een bezield wetenschapper vol optimisme NRC Handelsblad, 23 april 1990
  5. ↑ Van Pelt, P. e.a. (1976)”Proton acid catalyzed hydride transfer from alkanes to methylated benzyl cation. Part III: Solvated alkanes as hydrogen-donating intermidiates”, Journal of the American Chemical Society, Vol. 98, p. 5864-5870.
  6. ↑ Vekemans, J.A.J.M. e.a. (1991)”NADH model mediated reduction of C=N substrates: enantioselective synthesis of D-and L-phenylglycinates “,Tetrahedron: Asymmetry, Vol. 2, p. 949-952.
  7. ↑ Donkersloot, M.C.A. et al.(1981) “The hydride-donation reaction of reduced nicotinamide adenine dinucleotide. 2.MINDO/3 and STO-3G calculations on the role of the CONH2 group in enzymatic reactions”, Journal of the American Chemical Society, Vol. 103, p. 6554-6558.
  8. ↑ Aagaard, O.M. et al. (1990) “Intermolecular effects on the radiogenic formation of electron-capture phosphorus-centered radicals. A single-crystal ESR study of diastereoisomeric precursors”, Journal of the American Chemical Society, Vol. 112, p. 938-944.
  9. ↑ Van Dijk, J.M.F. et al. (1978) “Ab initio CI calculation of the radiationless transition of the 1(nπ)state of formaldehyde”, Journal of Chemical Physics, Vol. 69, p. 2462-2473.
  10. ↑ Van Dijk, J.M.F. et al. (1978) “Ab initio CI calculation of single vibronic level fluorescence emission spectra and absolute radiative lifetimes of H2CO(1A2)”, Journal of Chemical Physics, Vol. 70, p. 2854-2858.
  11. ↑ Dormans, G.J.M. et al. (1984) “A quantum chemical study on the mechanism of a photochemical [1,3]-OH shift in 2-propen-1-ol”, Journal of the American Chemical Society, Vol. 106, p. 1213-1216.
  12. ↑ Dormans, G.J.M. et al. (1984) ” Mechanism of the thermal [1,5]-H shift in cis 1,3-pentadiene. Kinetic isotope effect and vibrationally assisted tunneling”, Journal of the American Chemical Society, Vol. 106, p. 3253-3258.
  13. ↑ Van Lier, J.J.C. et al. (1983)”B-Z transition in methylated DNA. A quantum-chemical study”, European Journal of Biochemistry, Vol. 132, p. 55-62.
  14. ↑ Quaedflieg, P.J.L.M. et al. (1989)”A structural study of phosphate-methylated d(CpG)n and d(GpC)n DNA oligomers. Implications of phosphate shielding for the isomerisation of B-DNA into Z-DNA”,Recl. Trav. Chim. Pays-Bas Journal of the Royal Netherlands Chemical Society, Vol. 108, p. 421-423.
  15. ↑ Broeders, N.L.H.L. et al. (1990)”A 400- and 600- MHz 1H NMR conformational study on nucleoside cyclic 3′,5’PV-TBP systems. Conformational transmission induces diequatorial orientation of the 3′,5′-dioxaphosphorinane ring in a nonchair conformation”, Journal of the American Chemical Society, Vol. 112, p. 7475-7482.
  16. ↑ a b c Europees Octrooi getiteld Poly (deoxyribonucleotides), pharmaceutical compositions, use and preparation of the poly (deoxyribonucleotides) toegekend op 09-06-1993 te München; Patent N0. 0358657[dode link]
  17. ↑ a b “From these data we conclude that the samples we used contained neither completely nor partially phospate methylated DNA (…). In view of the composition of the samples, we now believe that our hybridization studies of the longer (…) phosphate-methylated DNA oligomers (…) do not warrant the interpretation given in our report. There is no evidence to suggest that the observed antiviral effects should be ascribed to the phosphate methylation of natural DNA.” Moody, H.M. e.a. (1990) “Inhibition of HIV-1 Infectivity by Phosphate-Methylated DNA: Retraction”, Science, Vol. 250, p. 125-126.
  18. ↑ Buck, H.M.(2008)”A combined experimental, theoretical, and Van ‘t Hoff model study for identity methyl, proton, hydrogen atom, and hydride exchange reactions. Correlation with three center four-, three-, and two electron systems”,International Journal of Quantum Chemistry,Vol. 108, p. 1601-1614.
  19. ↑ Stap naar beter inzicht in snelle celdeling kanker. Trouw, 29 november 1985
  20. ↑ Moody, H.M. e.a. (1989)”Regiospecific inhibition of DNA duplication by antisense phosphate-methylated oligodeoxynucleotides”,Nucleic Acids Research, Vol. 17, p. 4769-4782
  21. ↑ Weliswaar stelde Buck in het artikel een sterke hybridisatie van fosfaatgemethyleerd DNA met natuurlijk DNA en RNA vast, maar ook dat de DNA-RNA binding minder stabiel was. Hij verklaarde dat uit het gegeven dat zowel fosfaatgemethyleerd als natuurlijk DNA een B-configuratie bezitten, terwijl RNA een A-configuratie heeft. Het begrip A- en B-configuratie slaat op het verschil in ruimtelijke structuur van de suikerring. Die conclusie bleek later op niets gebaseerd te zijn; het testmateriaal van Buck bevatte in het geheel geen fosfaatgemethyleerd DNA.
  22. ↑ TU Eindhoven woordvoerder Peter van Dam in Andere tijden over de Affaire Buck (2005)
  23. ↑ a b In het algemeen worden Zamecnik en Stephenson gezien als de eersten die antisense techniek toepasten (1978). Het waren echter Paul S. Miller e.a. die het in 1971 al lukten korte fosfaat gemethyleerde DNA-fragmenten te vervaardigen. (Miller, P.S. e.a. (1971) “Syntheses and properties of adenine and thymine nucleoside alkyl phosphotriesters, the neutral analogs of dinucleoside monophosphates”. Journal of the American Chemical Society. Vol 93, p. 6657-65). In dat artikel opperde Miller ook al de mogelijkheid voor het gebruik van de stof om DNA te beïnvloeden en de mogelijkheid dat het door de celwand zou kunnen dringen. Henk Buck verkreeg in 1993 wel een octrooi op zijn synthese.
  24. ↑ a b Martijn, M. en Vanheste, T.(2010) “Hoeveel fouten mag je maken?” Vrij Nederland,6 maart 2010, p.25-29
  25. ↑ Kuijpers, W.H.A. e.a. (1990) “Synthesis of well-defined phosphate-methylated DNA fragments: the application of potassium carbonate in methanol as deprotecting agent”, Nucleic Acids Research, Vol. 18, p. 5197-5205
  26. ↑ Van de korte fragmenten van Kuijpers en van Boeckel kon nog gezegd worden dat ze instabiel waren, maar de lange fragmenten van Buck bleken na een tweede meting in het voorjaar van 1990 in het geheel niet te bestaan. Volgens de rectificatie van het artikel in Science zouden lengtes van groter dan 9 mer niet detecteerbaar zijn. Goudsmit verlangde lengtes van 20-mer.
  27. ↑ a b c Otterdijk, Frits van (2011) Vaarwel ‘Pietje PLEM’ Cursor02 (NL), jaargang 54, 23 september pp. 12-14
  28. ↑ Koumans, W.A e.a. (1990): Rapport van de Bestuurscommissie Onderzoek Scheikundige Technologie, p.6 (prof. Van Boeckel)
  29. ↑ Rozendaal, S. (1992) “Barbertje wil weer werken. Waarom AIDS-onderzoeker Henk Buck moest hangen”. Elsevier 21-10-1992, p. 96-100
  30. ↑ Bovendien werd Buck’s familie weggestuurd. Al de TU/e medewerkers die meehielpen bij de fraude zijn echter nooit aangepakt (ref: Otterdijk, 2011)
  31. ↑ Maar het rapport noemt hem tevens een begenadigd docent en een uitstekend onderzoeker in de zin van het concipiëren van logische en samenhangende hypothesen voor of verklaringen van fenomenen in zijn vakgebied.
  32. ↑ Van der Feltz, M.J.M. e.a. (1990)”Sequence-specific inhibition of proliferation of primary human acute myeloid leukemia cells in culture by phosphate-methylated oligodeoxynucleotides” (submitted for publication), vermeld als bron bij:
    Van Genderen, M.H.P. e.a. (1990)”Loop formation in a DNA duplex by hybridization with a phosphate-methylated DNA oligomer. Implications for the use of the hybridization-arrest technique in Alzheimer’s disease”, Proceedings Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen, Vol. 93(2), p. 21-28
  33. ↑ KNAW weigert artikelen Buck NRC, 28 maart 1994
  34. ↑ a b Maanen, Hans van (2011) Twijfel Buck’s gelijk. De Volkskrant, 19 februari
  35. ↑ Buck, H.M. (1996) “Phosphate-methylated DNA: a unique oligodeoxynucleotide as compared with other modified DNAs”, Proceedings Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen, Vol. 99, p. 145-153
  36. ↑ Buck, H.M. (1997) “The impact of chirality of phosphorus in methylphosphotriester DNA on duplexformation and its significance for inducing methylation-resistance genes”,Proceedings Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen, Vol. 100, p. 1-9
  37. ↑ Vermij, Peter (1990) De Wetenschappelijke methode van H.M. Buck Het Parool, 15 september 1990
  38. ↑ Een van Bucks medewerkers had zijn leiding in een artikel in Het Parool van 15-9-1990 vergeleken met het regiem van de Roemeense dictator Ceauşescu.
  39. ↑ Fleers, J.B. e.a. (2001), “Beslissing van de Raad voor de Journalistiek inzake de klacht van prof. dr. H.M. Buck tegen de hoofdredacteur van Het Parool”, p.4 van de integrale tekst.
  40. ↑ Deze publicaties beschrijven echter geen nieuwe praktische experimenten die een ander licht op de zaak zouden kunnen werpen. De artikelen betreffen een theoretische beschouwing van de materie.
  41. ↑ De werkzaamheid is, net als bij Goudsmits proeven, alleen op laboratoriumniveau gemeten. Omdat volgens de huidige inzichten fosfaatgemethyleerd DNA niet stabiel is, is het mogelijk dat de gemeten resultaten aan andere oorzaken toe te wijzen zijn. Die proeven hebben in elk geval niet geleid tot de ontwikkeling van een medicijn.
  42. ↑ Van Genderen, M.H.P. e.a. (1988) “Duplex stability of hybrids between phosphate-methylated DNA and natural RNA”, Proceedings Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen, Vol. 91, p. 53-57, zie p. 56
  43. ↑ Rozendaal, S. (2007). “Aidsonderzoek: mij is onrecht gedaan.” Elsevier, 25 augustus 2007, p. 70-71
  44. ↑ De passage over Buck staat op pagina 60 van deze gearchiveerde publicatie Wetenschappelijk Onderzoek: dilemma’s en verleidingen. In de actuele versie komt de passage niet meer voor, zonder dat overigens de druk of het ISBN nummer werd aangepast.
  45. ↑ Een overheidsinstantie moet bij haar handelen de relevante feiten en omstandigheden vergaren. De verzamelde gegevens dienen vertaald te worden in belangen die tegen elkaar moeten worden afgewogen. In principe moet de overheidsinstantie alle rechtstreeks betrokken belangen wegen. Of een belang geen rol mag spelen is een zaak van interpretatie van de wettelijke regeling of van de aard en strekking van de bevoegdheid. Er mag geen sprake zijn van willekeur. Dat betekent dat de uitkomst van de belangenafweging door een overheidsinstantie niet onredelijk mag zijn. (zie de Nationale Ombudsman[dode link])
  46. ↑ De Nationale Ombudsman: Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen te Amsterdam[dode link]
  47. ↑ Hoogleraar Piet Lemstra, lid van de eerste onderzoekscommissie in de affaire, had in een interview naar aanleiding van zijn naderende pensionering de kwalificatie fraude opnieuw gebruikt (Otterdijk 2011, Cursor02 p.14), hoewel de TU/e de term fraude, die de commissie Koumans in het tweede onderzoek had gebruikt, later had ingetrokken.
  48. ↑ Otterdijk, Frits van (2012) Een punt zetten achter De Affaire Cursor14 (NL), jaargang 54, 22 maart, pp. 12-14
  49. ↑ Ingezonde brief: Buck, een gewaarschuwd man Cursor15 (NL), jaargang 54, 5 april, p. 10
  50. ↑ Moody, H.M. e.a. (1990) Science, Vol. 250, p. 126. It appears that … yealded an almost insoluble product”
  51. ↑ Ingezonde brief: Buck over Van Boeckel Cursor16 (NL), jaargang 54, 19 april, p. 10
  52. ↑ Uit Buck’s reactie op de ingezonden brief van Van Boeckel bleek dat de Commissie Wetenschappelijke Integriteit van de TU/e op een klacht van Buck naar aanleiding van het afscheidsinterview met Lemstra oordeelde dat de passages daarin over fraude en manipulatie als bijzonder kwetsend konden zijn ervaren.
  53. ↑ Ingezonden brief: Mist Cursor16 (NL), jaargang 54, 19 april, p. 10
  54. ↑ Buck, H.M. Retracted HIV Study Provides New Information about the Status of the in Vitro Inhibition of DNA Replication by Backbone Methylation in Journal of Biophysical Chemistry Vol.06 No.01(2015)
  55. ↑ Engels, Joep. .Henk Buck kwam hard ten val na aidsonderzoek. ‘Ik kon mij nooit verdedigen’ Trouw, 10 juni 2017
  56. ↑ Jaap Goudsmit in Zomergasten: Zelden klonk een onheilspellende boodschap van een viroloog zo geruststellend. Trouw, 10 augustus 2020
  57. ↑ De stabiliteit is nooit onderzocht onder biologische omstandigheden
  58. ↑ Roehr B. (1998) Fomivirsen approved for CMV retinitis. Journal of the International Association of Physicians in AIDS Care. 1998 Oct;4(10):14-6. abstract
  59. ↑ Geary et al. (2002). Fomivirsen: clinical pharmacology and potential drug interactions.Clin Pharmacokinet. 2002;41(4):255-60. abstract