Restriction Landmark Genomic Scanning – Wikipedia

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Genomisches Scannen von Restriction Landmark ((RLGS) ist eine Genomanalysemethode zur schnellen gleichzeitigen Visualisierung von Tausenden von Orientierungspunkten oder Restriktionsstellen. Unter Verwendung einer Kombination von Restriktionsenzymen, von denen einige spezifisch für DNA-Modifikationen sind, kann die Technik verwendet werden, um Unterschiede in den Methylierungsniveaus über das Genom eines gegebenen Organismus hinweg sichtbar zu machen.[1] RLGS verwendet die direkte Markierung von DNA, die zuerst durch eine bestimmte Reihe von Restriktionsenzymen geschnitten und dann durch ein radioaktives Isotop (normalerweise Phosphor-32) markiert wird. Anschließend wird ein zweidimensionaler Elektrophoreseprozess angewendet, der hochauflösende Ergebnisse liefert. Das radioaktive Gel der zweiten Dimension kann dann eine große Folie belichten. Die durch die radioaktive Markierung erzeugte Strahlung bewirkt, dass der Film überall dort belichtet wird, wo die Restriktionsfragmente während der Elektrophorese gewandert sind. Anschließend wird der Film entwickelt, der eine visuelle Darstellung der Ergebnisse in Form eines Autoradiogramms liefert. Dieselbe Kombination von Restriktionsenzymen erzeugt das gleiche Muster von “Flecken” aus Proben derselben Organismen, jedoch unterschiedliche Muster für verschiedene Arten von Organismen. Beispielsweise erzeugen menschliche und Maus-DNA deutlich unterschiedliche Muster, wenn sie mit derselben Kombination von Enzymen behandelt werden. Diese fertigen Auto-Rads können gegeneinander untersucht werden, wobei Veränderungen in der Genexpression aufgedeckt werden, die zu visuellen Unterschieden im Film führen. Jedes Autoradiogramm enthält Tausende von Spots, die jeweils einem markierten DNA-Restriktionsmarkstein entsprechen.

RLGS wird nützlich, wenn Scans des gesamten Genoms durchgeführt werden, und kann die Arbeit von Tausenden von Polymerasekettenreaktionen gleichzeitig effektiv ausführen. Es erkennt leicht vom Normalwert abweichende Veränderungen und ist daher außerordentlich wirksam bei der Identifizierung von Hyper- / Hypomethylierung bei Tumoren, Deletionen oder Amplifikationen von Genen oder einfach bei Veränderungen der Genexpression während der Entwicklung eines Organismus.

Quellen[edit]

Verweise[edit]


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